ОТДЕЛ ХРОМАТОГРАФИЧЕСКОГО АНАЛИЗА

Отдел хроматографии организован в 1965 г. Первым заведующим отделом был кбн В.П.Корженко, с 1971 г. по настоящее время отделом руководит дхн Л.А. Баратова.

В структуру отдела входят лаборатория структурной организации и функционирования биологических макромолекул (зав. – дхн Л.А. Баратова) и лаборатория межмембранных взаимодействий клеток (зав. – дбн, проф. Л.Б. Марголис). Основные сотрудники отдела: кхн А.Л. Ксенофонтов, кбн Н.В. Федорова, кхн Е.В. Лукашина, кхн В.А. Радюхин, С.Н. Бубенщикова, кбн С.И. Галкина, кбн Л.В. Кордюкова.

Отдел ведет научные исследования по следующим основным направлениям. Изучение структурной организации макромолекул и надмолекулярных комплексов. Контактные взаимодействия и метаболизм клеток.

Участие в выполнении научно-исследовательских проектов (программ) и грантовая поддержка. Программа фундаментальных исследований ОХНМ РАН "Создание и изучение макромолекул и макромолекулярных структур новых поколений" совместно с ИХФ им. Н.Н.Семенова РАН, Институтом белка РАН и химическим факультетом МГУ; Международный проект МНТЦ "Использование техники тритиевой бомбардировки для исследования структуры белка М1 вируса гриппа, взаимодействия М1 с гемагглютинином и роли этих белков в проникновении вируса в клетку" совместно с ИХФ им. Н.Н.Семенова и ИБХ им. М.М.Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН. Гранты: ряд грантов РФФИ и Президента России для выдающихся ученых, гранты EU INCO Copernicus, МНТЦ и программы фундаментальных исследований ОХНМ РАН.

Основные научные достижения отдела. Совместно с институтом химической физики им. Н.Н.Семенова РАН разработано принципиально новое направление в изучении in situ доступной поверхности и пространственной организации макромолекул и надмолекулярных комплексов, метод тритиевой планиграфии. Показано, что порядок сборки модели пространственной структуры белка определяет ее конечный вид и корректные результаты могут быть получены только при укладке цепи в направлении последовательности биосинтеза. Получены принципиально новые данные о пространственной организации некоторых растительных вирусов и предложен подход для сужения круга поиска антигенных детерминант. Проведено изучение структурной организации и экспрессии оперона рибосомных РНК и белков, а также строения и механизмов репликации ряда экстрахромосомных элементов галофильных и термофильных архебактерий. Открыто уникальное для бактерий явление сосуществования в одной клетке близких по первичной структуре плазмид и изучены механизмы их репликации. Изучены механизмы, регулирующие адгезию нейтрофилов к эндотелию, и влияние адгезии на активацию нейтрофилов через внутриклеточный рН. Проведено изучение структуры и функций динамичных, тонких и длинных тубуловезикулярных псевдоподий, формирующихся при адгезии нейтрофилов к соседним клеткам и к белкам экстраклеточного матрикса. Получены экспериментальные данные о in situ топографии поверхности матриксного М1 белка вируса гриппа А (штамм Х-31, реассортант), что позволило предложить модель его укладки в вирионе.

Научные достижения отдела отмечены Государственной премией Российской Федерации в области науки и техники (Л.А. Баратова в составе авторского коллектива), премиями ГКНТ и Миннауки РФ.

Основные научные публикации отдела:
1.    Stepanov VM, Baratova LA, Pugacheva IB, Belyanova LP, Revina LP, Timochina EA. N-terminal sequence of swine pepsinogen and pepsin. The site of pepsinogen activation. Biochem Biophys Rec Commun. 1973; 54: 1164-70.
2.    Baratova LA, Lebedeva ZI, Belyanova LP, Avaeva SM. N-terminal sequence of inorganic pyrophosphatase from yeast. Biochem Biophys Rec Commun. 1974; 59: 653-7.
3.    Nagradova NK, Safronova MI, Baratova LA, Belyanova LP. Structural studies on glyceraldehydephosphatdehydrogenase from rat skeletal muckle. Biochim Biophys Acta. 1978; 532: 1-5.
4.    Kagramanova VK, Mankin AS, Baratova LA, Bogdanov AA. The 3-terminal nucleotide sequence of the Halobacterium halobium 16S RNA. FEBS Lett. 1982; 144: 177-80.
5.    Margolis LB, Baibakov BA, Neifach AA, Victorov AV, Galkina SI, Bergelson LD. Lipid-cell interactions. Biochim Biophys Acta. 1984; 804: 23-30.
6.    Mankin AS, Teterina NL, Kagramanova VK, Rubtsov PM, Baratova LA. Putative promoter region of rRNA operon from archaebacterium Halobacterium halobium. Nucleic Acids Res. 1984; 12: 6537-46.
7.    Zueva VS, Mankin AS, Bogdanov AA, Baratova LA. Specific fragmentation of t-RNA and r-RNA at a 7-methylguanine residue in the presence of methylated carrier RNA. Biochimie. 1985; 146: 679-86.
8.    Goldanskii VI, Kashirin IA, Shishkov AV, Baratova LA, Grebenshchikov NI. The use of thermally activated tritium atoms for structural-biological investigations: the topography of the TMV protein-accessible surface of the virus. J Mol Biol. 1988; 201: 567-74.
9.    Glushakova SE, Ksenofontov AL, Fedorova NV, Mazhul LA, Ageeva ON, Margolis LB, Baratova LA, Shishkov AV. A model for the study of the mechanism of a low pH-induced interaction of the virus fusion proteins and cell membranes. Biosci. Rep. 1991; 11: 131-7.
10.    Gedrovich A, Shishkov A, Goldanskii V, Baratova L, Grebenshchikov N, Efimov A. Modelling protein three-dimensional structure using tritium planigraphy. Eur Biophys J. 1991; 19: 283-6.
11.    Baratova LA, Grebenshchikov NI, Shishkov AV, Kashirin IA, Radavsky JL, Jarvekulg L, Saarma M. The topography of the surface of potato virus X: tritium planigraphy and immunological analysis. J Gen Virol. 1992; 73: 229-35.
12.    Baratova LA, Grebenshchikov NI, Dobrov EN, Gedrovich AV, Kashirin IA, Shishkov AV, Efimov AV, Jarvekulg L, Radavsky YL, Saarma M. The organization of potato virus X coat proteins in virus particles studied by tritium planigraphy and model building. Virology. 1992; 188: 175-80.
13.    Mankin AS, Zyryanova IM, Kagramanova VK, Garrett A. Introducing mutations into the single chromosomal 23S rRNA gene of archaeron Halobacterium hal. Using an rRNA operon-based transformation system. Proc Natl Acad Sci USA. 1992; 89: 6535-8.
14.    Galkina SI, Sud'ina GF, Margolis LB. Regulation of intracellular pH by phospholipase A2 and protein kinase C upon neutrophil adhesion to solid substrata. FEBS Lett. 1996; 393: 117-20.
15.    Kovana MN, Viryasov MB, Baratova LA, Kochetov GA. Localization of the reactive tyrosine residues of baker's yeast transketolase. FEBS Lett. 1996; 332: 293-4.
16.    Fedorova NV, Ksenofontov AL, Viryasov MB, Baratova LA, Timofeeva TA, Zhirnov OP. Covalent chromatography of influenza virus membrane M1 protein on activated thiopropyl Sepharose-6B. J Chrom. 1998; 706: 83-9.
17.    Bogacheva EN, Gol'danskii VI, Shishkov AV, Galkin AV, Baratova LA. Tritium planigraphy: from the accessible surface to the spatial structure of a protein. Proc Natl. Acad Sci USA. 1998; 95: 2790-4.
18.    Shishkov AV, Goldanskii VI, Baratova LA, Fedorova NV, Ksenofontov AL, Zhirnov OP, Galkin AV. The in situ spatial arrangement of the influenza A virus matrix protein M1 assessed by tritium bombardment. Proc Natl Acad Sci USA. 1999; 96: 7827-30.
19.    Ivanov AR, Nazimov IV, Baratova LA. Qualitative and quantitative determination of biologically active low molecular weight thiols in human blood by reversed phase HPLC with photometry and fluorescence detection. J Chrom. 2000; 870: 433-42.
20.    Baratova LA, Efimov AV, Dobrov EN, Fedorova NV, Hunt R, Badun GA, Ksenofontov AL, Torrance L, Jarvekulg L. In situ spatial organization of Potato virus A coat protein subunits as assessed by tritium bombardment. J Virol. 2001; 75: 9696-702.
21.    Galkina SI, Sud'ina GF, Ullrich V. Inhibition of neutrophil spreading during adhesion to fibronectin reveals formation of long tubulovesicular cell extensions (cytonemes). Exp Cell Res. 2001; 266: 222-8.
22.    Sud'ina GF, Brock TG, Pushkareva MA, Galkina SI, Turutin DV, Peters-Golden M, Ullrich V. Sulphatides trigger polymorphonuclear granulocyte spreading on collagen-coated surfaces and inhibit subsequent activation of 5-lipoxygenase. Biochem J. 2001; 359: 621-9.

Основные публикации за последние 3 года:
1.    Shishkov AV, Ksenofontov AL, Bogacheva EN, Kordyukova LV, Badun GA, Alekseevsky AV, Tsetlin VI, Baratova LA. Studying the spatial organization of membrane proteins by means of tritium stratigraphy: bacteriorhodopsin in purple membrane. Bioelectrochemistry. 2002; 56: 147-9.
2.    Karger EM, Frolova OY, Fedorova NV, Baratova LA, Ovchinnikova TV, Susi P, Makinen K, Ronnstrand L, Dorokhov YL, Atabekov JG. Dysfunctionality of a tobacco mosaic virus movement protein mutant mimicking threonine 104 phosphorylation. J Gen Virol. 2003; 84: 727-32.
3.    Orlova MA, Chubar TA, Fechina VA, Ignatenko OV, Badun GA, Ksenofontov AL, Uporov IV, Gazaryan IG. Conformational differences between native and recombinant horseradish peroxidase revealed by tritium planigraphy. Biochemistry (Moscow). 2003; 68: 1225-30.
4.    Dobrov EN, Badun GA, Lukashina EV, Fedorova NV, Ksenofontov AL, Fedoseev VM, Baratova LA. Tritium planigraphy comparative structural study of tobacco mosaic virus and its mutant with altered host specificity. Eur J Biochem. 2003; 270: 3300-8.
5.    Badun GA, Lukashina EV, Batuk ON, Ksenofontov AL, Fedoseev VM. Atomic tritium as a surface nanoprobe in a structural investigation of molecular assemblies. Materials Science and Engineering: C. 2003; 23: 797-802.
6.    Baratova LA, Fedorova NV, Dobrov EN, Lukashina EV, Kharlanov AN, Nasonov VV, Serebryakova MV, Kozlovsky SV, Zayakina OV, Rodionova NP. N-terminal segment of potato virus X coat protein subunits is glycosylated and mediates formation of a bound water shell on the virion surface. Eur J Biochem. 2004; 271: 3136-45.
7.    Kordyukova LV, Ksenofontov AL, Serebryakova MV, Ovchinnikova TV, Fedorova VB, Ivanova VT, Baratova LA. Influenza A hemagglutinin C-terminal anchoring peptide: identification and mass spectrometric study. Protein Pept Lett. 2004; 11: 388-91.
8.    Galkina SI, Dormeneva EV, Bachschmid M, Pushkareva MA, Sudina GF, Ullrich V. Endothelium-leukocyte interactions under the influence of the superoxide-nitrogen monoxide system. Med Sci Monit. 2004; 9: BR307-16.

Сотрудники отдела являются соавторами 8 авторских свидетельств и 1 патента. В отделе защищены 10 кандидатских и 4 докторские диссертации. Отдел, будучи одним из научно-методических отделов НИИ ФХБ МГУ, выполняет анализа состава и исследует строение биополимеров совместно с другими отделами института.